La CNSS est dirigée par un organe de décision, le Conseil d’Administration et un organe d’exécution, la Direction Générale.
Le Conseil d’Administration comprend dix membres dont :

• 2 membres représentant le ministère de tutelle ;
• 1 membre représentant le ministère des finances ;
• 1 membre représentant le ministère de la santé ;
• 3 membres représentant les organisations d’employeurs (patronat) ;
• 3 membres représentant les organisations des travailleurs (syndicats).